historie - středověk
Stavba dnešního chrámu byla zahájena po polovině 13. století založením kněžiště s kaplí (kryptou) sv. Kateřiny a severní boční lodi. Po roce 1270 byla v úplnosti dokončena hlavní a jižní loď, nejspíše až na přelomu 13. a 14. století došlo ke vztyčení nejvyšších pater obou věží. Stavbu vedla královská dvorská huť, ovlivněná soudobou architekturou v Burgundsku, severní Francii a Sasku. Z tohoto důvodu je kouřimský chrám považován za jednu z nejvýznamnějších památek raně gotického stavitelství ve střední Evropě.
Středověké dějiny kostela sv. Štěpána nejsou pro nedostatek zachovalých písemných pramenů dostatečně známy. Nejstarší zachovalá zmínka o něm pochází z roku 1334, kdy byla stavba poškozena požárem, jenž zachvátil celé město. V té době byl chrám již devět let pod patronátem kláštera cisterciáků v Sedlci, jemuž král Jan Lucemburský postoupil správu kouřimského děkanství jako odměnu za poskytnutou půjčku. Markrabě Karel Lucemburský (pozdější císař Karel IV.) v roce 1340 rozhodnutí svého otce změnil, a patronát svatoštěpánského kostela vrátil do královské pravomoci. Poté byla uskutečněna vrcholně gotická oprava poškozené budovy, při níž byla k jižnímu průčelí přistavěna boční kaple, užívaná dnes jako sakristie. Na počátku 15. století byl interiér vyzdoben cennými nástěnnými malbami.
Ve středověku při zdejším chrámu působila řada významných kněží. Z nich si zaslouží zmínku Jakub, bývalý kaplan krále Václava II. (v letech 1268 – 1299), písař císařovny Alžběty Pomořanské Konrád z Písku (v letech 1374 - 1395), význační učenci, mistři pražské univerzity a přátelé Jana Husa - Křišťan z Prachatic (v letech 1395 – 1407) a Štěpán z Pálče (v letech 1407 - 1410), a dále Jan Vinkler, písař kanceláře císaře Zikmunda Lucemburského (před rokem 1421).
