historie - od 19. století do současnosti
Reformy císaře Josefa II. na konci 18. století radikálně ukončily rozkvět náboženského dění ve městě. Přicházející období nebylo svým chladným racionalismem nakloněno duchu barokní zbožnosti, a právě z tohoto důvodu postupně vyhasínala tradice svatoštěpánského chrámu jako poutního místa a důležitého duchovního centra. Význam Kouřimi jako střediska církevní správy byl ještě více omezen po polovině 19. století, kdy se město a jeho bezprostřední okolí stalo součástí kolínského vikariátu. Ještě sto let poté trvající označování zdejších duchovních děkanským titulem tak získalo jen formální význam, vycházející z historické tradice.
Po celou první polovinu 19. století se uskutečňovaly pouze minimální zásahy do podoby kostela sv. Štěpána. Teprve když v roce 1867 nastoupil do funkce zdejšího děkana obrozenecký spisovatel Antonín Ladislav Dlask (do roku 1894), začínalo se prohlubovat povědomí o mimořádném historickém a uměleckém významu kouřimského chrámu. Z iniciativy děkana Dlaska byla v letech 1876 - 1877 v puristickém duchu provedena první „památková" obnova zchátralého kostela, uskutečněná dle plánů architekta Josefa Schulze. V rámci této přestavby však byla zničena řada cenných architektonických detailů. K nejzávažnějším zásahům patřilo snesení zbarokizovaného západního průčelí a jeho nahrazení nepříliš přesvědčivou rekonstrukcí středověkého stavu.
Na přelomu 19. a 20. století následovaly další historizující úpravy chrámového areálu. Roku 1890 uskutečnil architekt Josef Mocker poměrně necitlivou pseudogotickou přestavbu zvonice, v letech 1903 - 1910 následovala další architektonická proměna kostela, vedená Kamilem Hilbertem. Tato přestavba sice zmírnila působení některých Schulzových zásahů, avšak ani v tomto případě se dosud nejednalo o pietní obnovu ve smyslu památkové péče. Nejvýraznějších změn se dočkal interiér kostela, který byl opatřen novými nástěnnými malbami v historizujícím stylu, ovlivněném secesí. V téže době vznikl dnešní pseudogotický mobiliář. Starší vybavení interiéru, tvořené především cennými uměleckými díly z období baroka, bylo většinou zničeno. Po úpravách v době kolem roku 1900 získal kostel sv. Štěpána svou dnešní podobu.
Po nástupu komunistického režimu v roce 1948 se na osudech kouřimského chrámu plně projevil tehdejší odpor k církevním památkám. Historické budově chyběla z důvodu nedostatku finančních prostředků náležitá údržba, takže rychle chátrala. Teprve po změně společenských poměrů v roce 1989 se mohla rozběhnout postupná rekonstrukce chrámu, během níž mimo jiné došlo k výměně střešní krytiny, opravě interiéru a sgrafitových omítek zvonice, zrestaurování severního portálu a k odkrytí a zrestaurování unikátních gotických nástěnných maleb v kapli sv. Kateřiny. V současnosti se připravuje rekonstrukce vážně narušených fasád kostelních věží a trojlodí.
Do dnešních dnů však zatím nedošlo k plnohodnotné obnově zdejšího církevního života. Po smrti P. Jaroslava Holuba († 1997), který byl posledním knězem trvale sídlícím v Kouřimi, je od 90. let 20. století zdejší farnost spravována duchovními ze sousední černokostelecké farnosti. Od roku 2005 pak byla rozhodnutím Arcibiskupství pražského Kouřim administrativně připojena k Římskokatolické farnosti Kostelec nad Černými lesy. Někdejší arciděkanský chrám sv. Štěpána se tak stal pouhým filiálním kostelem.
