historie - období reformace
V dubnu roku 1421 se město Kouřim po obsazení vojskem pražanů přiklonilo k husitské reformaci, což vyvolalo radikální změnu zdejší duchovní atmosféry. Prakticky přestal existovat kouřimský arciděkanát a s ním i titul kouřimského arcijáhna (arciděkana). Funkčně byl nahrazen tzv. „Kouřimskou konsistoří“, v níž byli sdruženi utrakvističtí kněží z někdejšího arciděkanátu. Samotní kouřimští děkanové byli až do konce 16. století utrakvistického vyznání, později se přikláněli k luteránství. Jednou z nejvýznamnějších osobností z nich byl učenec a luteránský teolog Jiří Tesák Mošovský, působící zde v letech 1608 – 1610.
Chrám sv. Štěpána se jako hlavní městský kostel stal na dobu dvou století protestantskou svatyní. V souvislosti s touto změnou došlo nejspíše k úpravě gotického kostelního mobiliáře, který byl přizpůsoben novému chápání reformované liturgie a věrouky. Vzrůstající obliba sborového chrámového zpěvu v 15. a 16. století vyvolala nebývalý rozkvět zdejšího literátského bratrstva, jehož existenci dodnes připomínají skvostné liturgické zpěvníky - pozdně gotický graduál z roku 1470 a renesanční adventní kancionál z roku 1581.
Mimořádný hospodářský vzestup města umožnil v první čtvrtině 16. století provést pozdně gotickou přestavbu svatoštěpánského chrámu, která spočívala zejména ve zřízení nové hudební kruchty a rozměrných oken bočních lodí, vybavených složitými kružbami. Roku 1525 byla v sousedství postavena samostatná zvonice, která částečně převzala funkci nedostatečně stabilních kostelních věží. V roce 1570 byla zvonice renesančně přestavěna italským mistrem Filipem, přičemž získala podobu trojpodlažní hranolové věže, jež se vedle kostela stala novou dominantou města. O jedenáct let později byl interiér chrámu sv. Štěpána obohacen novými nástěnnými malbami, které však zcela zmizely během pozdějších úprav. Pravděpodobně v téže době došlo ke zhotovení renesančního mobiliáře, mezi nímž vynikalo pět oltářů s náročnou sochařskou a malířskou výzdobou. Všechny zmíněné úpravy nejspíše souvisejí s obnovou chrámu, která následovala po požáru v roce 1567. Na přelomu 16. a 17. století se kostel stal reprezentativním pohřebištěm členů místních měšťanských rodů, jejichž mramorové náhrobky patří k cenným ukázkám českého renesančního sochařství.
