historie - baroko
Nepříznivé období třicetileté války výrazně zasáhlo do dějin Kouřimi i zdejšího děkanského chrámu. Po zahájení protireformace, vyvolané porážkou českých stavů v bitvě na Bílé hoře, byl v roce 1622 z města vypovězen poslední protestantský kněz Jan Lunacius Domažlický. Od roku 1625 zde již působil katolický děkan Šimon Eustach Kapihorský, jenž v letech 1626 - 1627 v Kouřimi řídil několik inkvizičních procesů. Nové poměry se ustálily až po roce 1633, kdy byl odvolán třetí pobělohorský kněz - řeholník chorvatského původu Bernardo Zottines da Veglia, který se zde dopouštěl řady výtržností a násilných skutků. Přicházející doba válečných nepokojů byla ve znamení zmaru, bídy a utrpení. Chrám sv. Štěpána byl vyloupen a zpustošen švédskými i císařskými vojsky. Dílo zkázy po skončení třicetileté války dokonalo několik požárů. Největší z nich stavbu postihly v letech 1659 a 1670, kdy se zřítila klenba hlavní lodi a zdivo horních pater obou věží. Ničivému živlu padla za oběť i většina gotického a renesančního mobiliáře.
Poválečná obnova kostela probíhala s velkými obtížemi, způsobenými neustálým nedostatkem finančních prostředků. Již krátce po druhém největším požáru v roce 1670 si tehdejší kouřimský děkan Matyáš Karel Kottecius vyprosil u císaře Leopolda I. příspěvek na opravu zpustošeného chrámu, díky němuž mohla být opětovně zaklenuta hlavní loď, zřízeny nové krovy nad celou stavbou a obnovena těžce poškozená zvonice. V průběhu poslední čtvrtiny 17. a na počátku 18. století byl interiér postupně vybavován umělecky hodnotným barokním mobiliářem. Roku 1744 byla uskutečněna další stavební úprava kostela, při níž došlo k zakrytí snížených chrámových věží mansardovými střechami s osmibokými lucernami.
Již v době děkana Kottecia (v letech 1667 – 1680) byl v Kouřimi učiněn první krok k rozkvětu barokní zbožnosti. Roku 1668 byl ve sklepení pod sakristií objeven vzácný soubor svatých ostatků, ukrytý zde pravděpodobně v předhusitských časech, jenž se v následujících desetiletích stal objektem mimořádné úcty. Svatoštěpánský chrám se změnil v poutní místo, jímž byl až do josefínských reforem na konci 18. století. Pravým střediskem náboženského dění byl kouřimský kostel zvláště v letech 1707 - 1728, kdy se zdejší děkan Antonín Jan Marsch věnoval pořádání velkolepých barokních církevních slavností. Nový rozvoj prožívalo literátské bratrstvo (mající tehdy téměř tři sta členů), v jehož prostředí byla provozována řada působivých hudebních skladeb, umocňujících nádheru tehdejších bohoslužeb.
